Genoma de cloroplasto de Pistacia vera L. (Anacardiaceae): organização estrutural e sinais filogenéticos em Sapindales

Genoma de cloroplasto de Pistacia vera L. (Anacardiaceae): organização estrutural e sinais filogenéticos em Sapindales

Autor(a)
Santos, Bruna Mariza da Silva.
Ano de publicação
2019
Data da defesa
26/02/2019
Curso/Outros
Mestrado Agricultura e Ambiente (PPGAA)
Número de folhas
16
Tipo
Dissertação
Local
UFAL, Campus Arapiraca, Unidade Educacional ARAPIRACA
Resumo

A ordem de Sapindales pertence ao clado Malvids e está próxima das ordens Huerteales, Malvales e Brassicales. A ordem é monofilética e possui nove famílias: Anacardiaceae, Burseraceae, Meliaceae, Rutaceae, Sapindaceae, Simaroubaceae Biebersteiniaceae, Kirkiaceae e Nitrariaceae. Com exceção de Sapindaceae, Kirkiaceae, Biebersteiniaceae e Nitrariaceae, a filogenia da ordem é clara para a maioria das famílias. Desta forma, os genomas dos cloroplastos são altamente informativos e amplamente utilizados para estudos filogenéticos; no entanto, na ordem de Sapindales, a estrutura dos genomas dos cloroplastos não foi analisada. O objetivo deste estudo foi montar o genoma do cloroplasto de Pistacia vera L., construir a filogenia para a ordem de Sapindales usando genomas completos de cloroplasto e analisar os sinais filogenéticos com os conteúdos de LSC, SSC, IRA e CG. O genoma da P. vera foi montado usando leituras do NCBI e outros genomas completos foram baixados do NCBI no formato FASTA. O genoma do cloroplasto de P. vera mostrou 160.674 pb, dos quais 126 genes, oito rRNA e 37 tRNA foram identificados. A filogenia usando genomas completos apresentou as mesmas topologias com estudos prévios e a evolução do cloroplasto apresentou alta correlação com clados filogenéticos para o comprimento LSC e o conteúdo de CG, dos quais Sapindaceae é caracterizada por pequenos tamanhos de LSC e Rutaceae por alto CG. Conclui-se que Sapindales apresentou uma filogenia robusta e os genomas dos cloroplastos mostram sinais filogenéticos para o tamanho de LSC e o conteúdo de CG.

Abstract

The Sapindales order belongs to Malvids clade and is close to orders Huerteales, Malvales, and Brassicales. The order is monophyletic and has nine families: Anacardiaceae, Burseraceae, Meliaceae, Rutaceae, Sapindaceae, Simaroubaceae Biebersteiniaceae, Kirkiaceae, and Nitrariaceae. Except for Sapindaceae, Kirkiaceae, Biebersteiniaceae and Nitrariaceae, the phylogeny of the order is clear for most families. This way, the chloroplast genomes are highly informative and are widely utilized for phylogenetics studies; however, in the Sapindales order, the structure of chloroplast genomes has not been analyzed. The aim of this study was to assemble the chloroplast genome of Pistacia vera L., build the phylogeny for Sapindales order using complete chloroplast genomes, and to analyze the phylogenetics signals with LSC, SSC, IRA, and CG content. The P. vera genome was assembled using reads from NCBI and other complete genomes were downloaded from NCBI in FASTA format. The chloroplast genome of P. vera showed 160,674 bp, of which 126 genes, eight rRNA, and 37 tRNA were identified. The phylogeny using complete genomes displayed the same topologies with prior studies and the evolution of the chloroplast showed high correlation with phylogenetic clades for the LSC length and the CG content, of which Sapindaceae is characterized by small LSC sizes and Rutaceae by high CG content. We conclude that Sapindales displayed a robust phylogeny and the chloroplast genomes shows signals phylogenetic for the LSC size and the CG content.

Orientador(a)
Dr. Almeida, Cícero Carlos de Souza.
Banca Examinadora
Dr. Silva, André Seco Marques da.
Dr.ª Moura, Flávia de Barros Prado.
Palavras-chave
Filogenia.
Plastomas.
Sapindaceae.
Áreas do Conhecimento/Localização
Coleção Propriedade Intelectual (CPI) - BSCA.
Categorias CNPQ
5.00.00.00-4 Ciências agrárias.
Visualizações
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