Sequenciamento de três genomas de cloroplasto e análise filogenética do gênero _Spondias_ (Anacardeaceae)

Os plastomas possuem origem uniparental (geralmente materna), enquanto o rDNA possuem origem biparental, permitindo obter robustas filogenias. O objetivou-se nesse estudo montar os genomas de cloroplastos de Spondias sp (umbuguela), (S. purpurea) e (S. dulcis), construir uma filogenia robusta para o gênero Spondias por meio da combinação da análise SNP, alelos de nrDNA e de cloroplasto, usando dados de sequenciamento de nova geração. A extração de DNA foi realizada utilizando o método CTAB. O sequenciamento dos reads foi realizado na GenOne Soluções em Biotecnologia, Rio de Janeiro, Brasil, em que cinco g de gDNA foram usados em cada amostra para a construção da biblioteca. O sequenciamento foi gerado por NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolabs, UK). A biblioteca foi analisada para a distribuição dos fragmentos por meio de Agilent2100 Bioanalyzer e a quantificação por real-time PCR. A biblioteca foi do tipo paired-end (2 x 150 pb) sequenciada com Illumina NovaSeq 6000 sequencer. Realizou-se a montagem dos genomas e análise de SNP no Laboratório de Recursos Genéticos na UFAL, usando como referência o genoma de (S. tuberosa) por meio do software Geneious annotation tool.  Todas as anotações foram checadas manualmente. Usou-se o software OGDRAW (Draw Organelle Genome Maps) para representação do genoma completo. Para análise de SNP, os reads foram mapeados na referência com o software Bowtie2 e o resultado demonstrado em gráfico HeatMap. Os genomas plastidiais das espécies do gênero Spondias analisados mostraram-se altamente conservados, com tamanhos Spondias sp (umbuguela) (162.577 pb), S. purpurea (162.728 pb), e (S. dulcis) (162.245 pb)com total de genes 137 para Spondias sp (umbuguela) e (S. dulcis), incluindo 37 tRNAs e 8 rRNAs. Enquanto (S. purpurea) apresentou 136 genes, 37 tRNAs e oito rRNAs. Spondias purpurea compartilhou maior quantidade de SNPs com Spondias sp (umbuguela) estando intimamente relacionados e agrupados em um mesmo clado, o que sugere que umbuguela não seja híbrido.

The plastome have a uniparental origin (usually maternal), while rDNA have a biparental origin, allowing to obtain robust phylogenies. The objective of this study was to assemble the chloroplast genomes of Spondias sp (umbuguela), (S. purpurea) and (S. dulcis), to build a robust phylogeny for the genus Spondias through the combination of SNP analysis, nrDNA and chloroplast alleles, using data from new generation sequencing. DNA extraction was performed using the CTAB method. The sequencing of the reads was carried out at GenOne Soluções em Biotecnologia, Rio de Janeiro, Brazil, where 5 five g of gDNA was used for each sample to build the library. Sequencing was generated using NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina (New England Biolabs, UK). The library was analyzed for fragment distribution using Agilent2100 Bioanalyzer and quantification by PCR in real time. The library was of the paired-end type (2 x 150 pb) sequenced with Illumina NovaSeq 6000 sequencer. Genome assembly and SNP analysis were carried out at the Genetic Resources Laboratory at UFAL, using the (S. tuberosa) genome as and by reference the Genes annotation tool. All notes were checked manually. It was used and the complete genome was represented using the software OGDRAW (Draw Organelle Genome Maps) to represent the complete genome. For SNP analysis, the readings were mapped in the reference using the Bowtie2 software and the result due in graphical HeatMap. The species plastidial genomes of the species of the genus Spondias analyzed in the present study proved to be highly conserved, with size Spondias sp (umbuguela) (162,577 bp), (S. purpurea) (162,728 bp), and (S. dulcis) (162,245 bp) with a total of 137 genes for Spondias sp (umbuguela) and (S. dulcis), including 37 tRNAs and 8 rRNAs. While (S. purpurea) presented 136 genes, including 37 tRNAs and 8 eight rRNAs. Spondias purpurea shared a greater number of SNPs with Spondias sp (umbuguela) and are being closely related to and grouped in the same clade, suggesting what suggests that umbuguela is not a hybrid.