Anotação genômica da fração repetitiva de _Syagrus coronata_ obtida por meio de montagem de genoma s_kimming_

Os genomas das plantas variam consideravelmente em tamanho e composição, sendo o DNA repetitivo o fator mais crucial na diversidade, representando até 90% do genoma e, do qual o DNA repetitivo consiste em elementos satélites e transponíveis. Syagrus coronata é uma palmeira endêmica do Brasil pertencente à família Arecaceae. Sua distribuição geográfica inclui as regiões da Caatinga e da Mata Atlântica. Atualmente, existem estudos de genomas de cloroplastos e mitocondriais, bem como de marcadores microssatélites do genoma nuclear. No entanto, a dinâmica e a evolução do genoma nuclear, incluindo o tamanho do genoma e a composição repetitiva do DNA, não são bem compreendidas. Este estudo tem como objetivo estimar o tamanho do genoma e caracterizar sequências repetitivas em S. coronata. O tamanho do genoma foi estimado usando citometria de fluxo e abordagens k-mer. Sequências repetitivas foram analisadas usando leituras pareadas através de pipelineRepeatExplorer, e as espécies Syagrus weddelliana e Cocos nucifera foram incluídas para comparação genômica. O tamanho do genoma foi estimado em 2,27±0,026 Gbp/1C usando citometria de fluxo e estimativas usando k-mer mostraram 1,2 Gb. A análise repetitiva mostrou que as sequências repetitivas representam 58,43% do genoma de S. coronata, sendo os retrotransposons LTR os mais abundantes (48,71%). Dentre os retrotransposons LTR, o Angela foi o mais abundante, com 25,66%. Outros elementos repetitivos, como transposons, DNA ribossômico e sequências satélites, exibiram níveis mais baixos de repetição. Os satélites exibiram alta diversidade em número e comprimento de monômeros; no entanto, eles deram uma pequena contribuição para o tamanho do genoma. Concluímos que S. coronata possui um genoma com sequências de DNA moderadamente repetitivas, sendo os retrotransposons LTR os mais abundantes.

Plant genomes vary considerably in size and composition, with repetitive DNA being the most crucial factor in diversity, accounting for up to 90% of the genome and, of which the repetitive DNA consists of satellite and transposable elements. Syagrus coronata is an endemic palm tree from Brazil belonging to the Arecaceae family. Its geographic distribution includes the Caatinga and Atlantic Forest regions. Currently, there are studies of chloroplast and mitochondrial genomes, as well as microsatellite markers of the nuclear genome. However, the dynamics and evolution of the nuclear genome, including genome size and repetitive DNA composition, are not well understood. This study aims to estimate the genome size and characterize repetitive sequences in S. coronata. The genome size was estimated using flow cytometry and k-mer approaches. Repetitive sequences were analyzed using paired-end reads through RepeatExplorer pipelines, and the species Syagrus weddelliana and Cocos nucifera were included for genomic comparison. The genome size was estimated to be 2,27±0,026 Gbp/1C using flow cytometry and estimates using k-mer showed 1.2 Gb. The repetitive analysis showed that repetitive sequences represent 58,43 % of S. coronata genome, being the LTR retrotransposons were most abundant (48.71 %). Among the LTR retrotransposons, the Angela was the most abundate, wich 25.66 %. Other repetitive elements such as transposons, ribosomal DNA, and satellite sequences exhibited lower levels of repetition. The satellites exhibited high diversity in number and monomer length; however, they made a minor contribution to the genome size. We conclude that S. coronata has a genome with moderately repetitive DNA sequences, with LTR retrotransposons being the most abundant.