Genoma de _Syagrus coronata_ é moldado pelo ambiente: análise genômica em acessos da Caatinga e Mata Atlântica

Objetivou-se analisar genomas de Syagrus coronata localizados em diferentes biomas para testar a seguinte hipótese: o genoma de S. coronata possui variações associadas aos domínios Caatinga e Mata Atlântica. Foram obtidos reads do NCBI de diferentes acessos de S. coronata, S. weddelliana e Cocos nucifera, para serem utilizados como pontos de comparação. Foi realizada uma análise no RepeatExplorer para detectar a proporção e a abundância genômica de DNA repetitivo. Uma anotação do genoma de cloroplasto foi realizada afim de comparação entre o gênero Syagrus, com foco em S. coronata acessos da Caatinga e da Mata Atlântica. A análise de clusters revelou uma composição semelhante entre os acessos de S. coronata com algumas variações observadas no acesso de Coruripe (S. coronata – Cor). Observou-se correlações positivas entre as espécies de acordo com o conteúdo repetitivo total. A correlação entre as famílias de elementos repetitivos revelou que os grupos Angela, Galadriel e Athila se correlacionam positivamente entre si e negativamente com a maioria dos demais grupos. A análise de abundância dos elementos repetitivos revelou Angela como o TE mais abundante para todos os acessos e ScoSat55a como o satélite mais abundante em S. coronata (Cor). As regiões de junção dos plastomas evidenciou uma estrutura altamente conservada entre os acessos de S. coronata. A anotação dos plastomas revelou pequenas diferenças no comprimento total do genoma quando comparados os domínios Caatinga e Mata Atlântica. Para a filogenia do plastoma, os quatro acessos de S. coronata formam um grupo monofilético, mas com relações internas distintas. Para a filogenia do skmer, os acessos Caa, Cor e Ara de S. coronata, formaram um clado filogeneticamente mais próximo, sendo PBG* visualizado como um possível grupo irmão desse clado. Tais variações estruturais nos genomas de S. coronata inferem que diferentes ambientes podem modelar o genoma de indivíduos de uma mesma espécie.

The objective of this study was to analyze geographically distinct Syagrus coronata genomes to test the following hypothesis: the S. coronata genome exhibits variations associated with the Caatinga and Atlantic Forest domains. NCBI reads from different accessions of S. coronata, S. weddelliana, and Cocos nucifera were obtained as comparison points. RepeatExplorer analysis was performed to detect the proportion and genomic abundance of repetitive DNA. Chloroplast genome annotation was performed to compare the Syagrus genus, focusing on S. coronata accessions from the Caatinga and Atlantic Forest. Cluster analysis revealed a similar composition among S. coronata accessions, with some variations observed in the Coruripe accession (S. coronata – Cor). Positive correlations were observed between species according to total repetitive content. The correlation between repetitive element families revealed that the Angela, Galadriel, and Athila groups correlate positively with each other and negatively with most other groups. Analysis of the abundance of repetitive elements revealed Angela as the most abundant TE for all accessions and ScoSat55a as the most abundant satellite in S. coronata (Cor). The plastome junction regions demonstrated a highly conserved structure among S. coronata accessions. Plastome annotation revealed small differences in total genome length when comparing the Caatinga and Atlantic Forest domains. For the plastome phylogeny, the four S. coronata accessions form a monophyletic group, but with distinct internal relationships. For the skmer phylogeny, the S. coronata accessions Caa, Cor, and Ara formed a phylogenetically closer clade, with PBG* viewed as a possible sister group to this clade. Such structural variations in the genomes of S. coronata infer that different environments can shape the genome of individuals of the same species.

Acesso restrito solicitado pela autora. Provável liberação em 1 out. 2026.