Análise genômica em _Spondias_ revela origem híbrida de _S. bahienses_ e _S. venulosa_

O gênero Spondias é caracterizado pela ocorrência de híbridos naturais, resultando em uma diversificação que vem sendo cultivada como espécies frutíferas. Entre essas, destaca-se o umbu-cajá (S. bahiensis), uma frutífera endêmica do Nordeste brasileiro, amplamente utilizada na produção de polpas, sucos e outros derivados. Estudos filogenômicos têm mostrado que o umbu-cajá é um híbrido, tendo como genitor materno o umbuzeiro (S. tuberosa). No entanto, o genitor paterno ainda não é conhecido, sendo as espécies S. mombin e S. venulosaas hipóteses mais prováveis. O objetivo da presente pesquisa foi determinar o genitor paterno de S. bahiensis com análise de SNPs e filogenômica. Foram sequenciadas leituras genômicas e realizada uma análise de genome skimming, com foco no DNA repetitivo e na filogenômica baseada nos genomas cloroplastidial e nuclear. A análise de SNPs revelou uma baixa quantidade de variação nas espécies S. tuberosa e S. mombin, e uma elevada quantidade de polimorfismo em S. bahiensise S. venulosa. As filogenias baseadas nos genomas nuclear e cloroplastidial apresentaram diferenças na topologia, sugerindo origens distintas para esses genomas. A composição genômica do DNA repetitivo indicou que S. bahiensise S. venulosa compartilham muitos elementos com S. tuberosa e S. mombin, sugerindo que são híbridos entre essas espécies. Conclui-se que S. venulosa é um híbrido entre S. tuberosa × S. mombin, e que S. bahiensis é um híbrido entre S. tuberosa e S. venulosa. Esses resultados revelam a complexidade filogenética do gênero e demonstram que os híbridos são viáveis e constituem uma importante fonte genética para o cultivo.

The genus Spondias is characterized by the occurrence of natural hybrids, resulting in diversification that has been cultivated as fruit-bearing species. Among these, the umbu-cajá (S. bahiensis) stands out, an endemic fruit tree of northeastern Brazil, widely used for the production of pulps, juices, and other derivatives. Phylogenomic studies have shown that umbu-cajá is a hybrid, with the umbu tree (S. tuberosa) as the maternal parent. However, the paternal parent is still unknown, with S. mombin and S. venulosa being the most likely candidates. The aim of the present study was to determine the paternal parent of S. bahiensis using SNP and phylogenomic analyses. Genomic reads were sequenced, and a genome skimming analysis was performed, focusing on repetitive DNA and phylogenomics based on chloroplast and nuclear genomes. SNP analysis revealed a low amount of variation in S. tuberosa and S. mombin, and a high level of polymorphism in S. bahiensis and S. venulosa. Phylogenies based on nuclear and chloroplast genomes showed differences in topology, suggesting distinct origins for these genomes. The genomic composition of repetitive DNA indicated that S. bahiensis and S. venulosa share many elements with S. tuberosa and S. mombin, suggesting that they are hybrids of these species. It is concluded that S. venulosa is a hybrid of S. tuberosa × S. mombin, and that S. bahiensis is a hybrid between S. tuberosa and S. venulosa. These results reveal the phylogenetic complexity of the genus and demonstrate that hybrids are viable and constitute an important genetic resource for cultivation.

Acesso restrito solicitado pela autora. Provável liberação em 30 set. 2026.